免許証についてですが、普通免許で原付き二輪車を運転できることは知ってい

免許証についてですが、普通免許で原付き二輪車を運転できることは知っていますが、免許証は別に発行は出来ないんですか？ 違反等の点数が別になることはできませんか？

違反の点数は、免許ではなく個人に付くと思った方が良いですよ。
例えば「無免許運転」は19点です。
免許を持って無くても、違反点数が付く仕組みです。
免許証を別々に発行しても、意味が無いでしょう。

各免許の種類ごとに免許証を発行していたら何枚も免許を持つ事になり、不便と思います。
そうなった場合、自分の場合、5枚も持つ事になってしまいます・・・。
違反の点数が別にする事は絶対にしないと思います。
違反の点数制度とか免許取り消しなどの制度は危険な運転者を交通の場から排除するためにあります。免許ごとに別にしたら危険な運転者の排除がなかなか進まない事になりますし、場合によっては原付免許が取り消された一方で大型免許が残ると言った矛盾が発生します。
誰でもうっかりして軽微な違反をしてしまう事はありますが、そんな軽微な違反を短期間で繰り返してしまうような運転者は危険ですので、今の制度が廃止になる事はまずあり得ないと思います。

原動機付自転車です。
免許証は１枚です。別々にはなりません。

無理無理無理無理無理