普通自動車のAT免許は持っているんですがMT車を運転すると無免許に

普通自動車のAT免許は持っているんですがMT車を運転すると無免許になってしまうんですか？

普通車AT限定免許の保有者が普通車MTを運転して場合、免許条件違反となり、違反者は反則金7000円で違反点数2点が付せられます。
法的根拠は、道交法91条、119条1項15号です。

（´・ω・）免許証に書いてある[条件]と異なった車を運転しますので、免許条件違反となります☀
たとえば、条件に[眼鏡等]と書かれているのにメガネやコンタクトレンズをつけずに運転したときも同じ違反になりますよ。

普通自動車のＡＴ限定免許で普通自動車のＭＴ車を運転すれば、免許条件違反で無免許にはならないです。

AT限定免許のはずですから、無免許ではなく限定違反というのか、そんな感じの違反ではないでしょうか。

無免許とはならずに、「免許条件違反」となるようです。
違反点数が２点だったか引かれます。
主な交通違反の内容
酒気帯び運転
無免許運転
大型自動車等無資格運転
仮免許運転違反
免許条件違反
免許証不携帯
無車検運行
無保険運行

免許証にＡＴ車に限る。と書いてあるはずなので、だめです