軽の中古車購入の際、車庫証明書を代行でなく自分でやる旨を伝えたらお店を

軽の中古車購入の際、車庫証明書を代行でなく自分でやる旨を伝えたらお店を通して警察に手続きする事になってると言われたのですがこれはケースバイケースなのでしょうか。

一字一句間違えなくそう言われたのであれば、うちの会社では〜が入りますので自社の勝手ルールです。
車販売の利益は車体の販売利益と事務代行手続きの手数料利益の利益になります、ネットの浸透により車体価格の利益が取りづらくなっているので代行手続きの利益あっての商売かと思われます。
アンサー的にはケースバイケースではありますが、支払い総額から強制的に支払わないといけない費用としてプラスされているとすれば、支払い総額の義務化から逸脱することになります。

車屋が代行手数料欲しさに適当な事を言ってるだけです。
かつて大手の中古車販売店で購入した時に自分で車庫証明を取ったら営業に「本当はこちらでやることになってるんですけど」と言われたが車庫証明など自分で取ろうが店に頼もうが個人の自由なはず。
惑わされないでください。自分で取れば簡単だし手数料だけで済みます。

>車庫証明書を代行でなく自分でやる旨を伝えたらお店を通して警察に手続きする事になってる
そんなことありえない、逆だ。
本来は本人届出が基本あるいは行政書士に
代行してもらうかである

それをやって手数料を取らないと利益が出ないので、やらせないという意味です。

いいえ。自分で出来るはずです。軽自動車はやったことはないですが、普通車で数回やったこと有ります。

車庫証明の手続きはご自身で出来るはずです。
代行手数料を取っているはずですし 取っていないのであれば先方に任せた方がお得です。
代行手数料を削除して手続きをしてくれでは難しいですが 手数料なしにして 自分でやるからと伝えればご自身で出来る様になるでしょう。