アルテッツァにプレミアムジャパンのスロットルコンバートキットを取り付

アルテッツァにプレミアムジャパンのスロットルコンバートキットを取り付けるとvvt-iは効かなくなりますか？

そんなことないですよ。
スロットルコンバートキットには、VVT-Iキャンセル機能はないです。