改正後普通免許を取得後二年で中型免許を取得した場合、免許の色はグリーンから

改正後普通免許を取得後二年で中型免許を取得した場合、免許の色はグリーンからブルーになりますか？

それはブルーになると思いますよ。
グリーンはあくまで「初心者」の証であり、１年経過すれば本期間に
入るので、中型免許取得のあかつきには、ブルーに変わりますよ。
（だって上位免許ですから）
ちなみに普通車取り立てで自動二輪免許取っても、グリーンのままです。
（初心運転者期間中は、グリーン変わらず）

初めて（1枚目）交付される免許証がグリーンという事で更新を待たずに他車種の免許を取得（併記）してもブルーで交付されます。

~ブルーになります。
免許を始めて取得した場合にはもグリーン帯の免許証となりますが、2～3年後に更新手続きを行うことで免許証の色がグリーンからブルーに変わります。
新たな免許を併記した場合にも、有効期限が延長された新たな免許証が交付され、併記には更新と同等の効果がありますので、免許証がブルー帯に変わります。
これは初心運転者期間中であるかどうかは関係なく、普通免許取得から1年未満で普通二輪免許を併記することでもブルー帯の免許証になります。
質問のケースも、併記日から3回目の誕生日+1ヶ月が有効期限のブルー帯の免許証が交付されます。

仮に普通免許取得翌日に自動二輪取ってもブルーになるのではないかな。
そっか。１年経たないと駄目でしたか。ちょっと自信なかったんですけどね。
http://www.unten-menkyo.com/2008/11/post_18.html