自動車学校の普通免許で短期集中コースというのがありますが、その中で

自動車学校の普通免許で短期集中コースというのがありますが、その中で本免許もとれるということなのですか？

本免許は、免許センターでの学科試験を受けなければなりませんので、そういうことではありません。
公認教習所であれば、あくまで、仮免を取得し、本免の技能試験を免除される資格を持つ＝教習所卒業（卒業証明書発行）するだけです。

短期集中コースでも、普通のコースでも、自動車学校を卒業すれば、技能試験が免除になります。
本免許は卒業後に免許センターで、本免学科試験に合格すると、交付されます。
もし、自動二輪免許持っていたら、本免学科試験が免除なので、自動車学校卒業後、免許センターに行けば試験無しで本免許が交付されます。

通い、合宿を問わず、自動車学校あるいは教習所を卒業しただけでは、本免許は取れません。
公認の自動車学校あるいは教習所を失業することによって、
各公安委員会が行う、運転免許試験のうち、「実技試験が免除される」という資格を得るだけです。