この前原付に乗っていた時のことです - 自分は原付免許を持って

この前原付に乗っていた時のことです
自分は原付免許を持っています
最初に調子に乗っていて2点減点されたのであと1点しかないです
そしておととい自分は事故にあってまた減点されました
そうすると自分の点数は0ですよね？
初心者講習うければ大丈夫なんですかね？
あと初心者講習はいくらかかりますか？

免許の点数は減点ではなくて、加算されますので、０点なら大丈夫です。

交通違反の点数は持ち点制の減点ではなく、0からの加点です。初心者は持ち点が3点しかないと勘違いをしている人が多いですが、全ての運転者は0点からの加点になります。
1～2点の違反を繰り返して累積3点以上に達したときは初心運転者講習になります。既に2点が加点されているならば、あと1点以上の違反を初心者期間にすれば初心運転者講習となります。
事故にあったとのことですが、点数が加点される事故は人身事故だけです(あて逃げ除く)。単なる物損事故・自損事故は点数の加点はありません。
人身事故で点数が加点されれば初心運転者講習になります。原付の初心運転者講習の費用は11,050円です。
初心運転者講習を受けても点数は消えませんので、累積3点と仮定したならば最後の違反から１年間無事故・無違反で過ごさないと点数は0にはなりません。1年を開けずに違反を繰り返していけば点数は累積されていき、累積6点以上になると免停となります。

まず「減点」はされませんのでご安心を。
点数制度について、警視庁ホームページなどで確認してください。
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/sub_07.htm
どんな「事故」に遭ったのですか？
被害者なら点数は付きません。
それとも加害者ですか？
加害者なら「事故に遭った」のではなく「事故を起こした」と言うべきです。
初心者講習については、こちらを。
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/menkyo/kousyuu/kousyuu06.htm

ご質問者様は勘違いされています。
反則点数は減点では無く、加点です。
３点に達すると初心者講習（一回に違反で到達を除く）です。
６点で免停になり、行政処分になります。
６点で免停ですが、講習を受けて優取得で１日の免停に短縮されます。
そして、前歴１となって、今後は４点～９点に反則点数を得ると２度目の免停となります。