自動車運転免許の点数制度についてです。酒気帯び運転0.25未満（１３点）が発

自動車運転免許の点数制度についてです。
酒気帯び運転0.25未満（１３点）が発覚し、９０日の免許停止の場合、特例で、「処分されたら累積点数はゼロになる」とありますが、９０日を過ぎると累積点数はゼロになる
と言うことなのでしょうか？

特例ではなく交通違反の行政処分の制度になります。
行政処分を受けると、その処分を受けたときの累積点数はなくなり、処分明けは前歴1回の0点からのスタートになります。
免停90日が終了して免許証が戻ってきたときに前歴1回の0点となっています。前歴1回は累積4点で免停60日、累積10点で免許取消しとなります。
逆に、免許証が戻ってきた日から１年間無事故・無違反で過ごせられれば前歴なしの0点のきれいな状態に戻ります。

そのとおりです。
現在のアナタは、前歴０回累積１３点だと考えられます。
９０日処分を受け終わった時点で、前歴１回累積０点になります。

つまり処分を受ける前に、２点の違反をした時点で、前歴０回１５点に到達し取消し対象となります。
これが処分を受け終わった後だと、取消は累積１０点からになります。

安全運転をしていても、いつ捕まるか分からないし、いつ事故に遭うかも分からないので、１日も早く処分を受けた方が良いでしょう。

そうです。ただし前歴が＋１です。