免許について質問です。教習所の最高期間が9ヶ月なのですが、そ

免許について質問です。教習所の最高期間が9ヶ月なのですが、それは本免試験を受ける前の時点の卒業試験を終了するまでの期間ですか？

厳密には、「教習を修了」していないと卒業検定を受けられないのですから、卒業検定自体は教習に含まれません。つまり、いわゆる「見きわめ」が終了していて仮免許が有効、学科も全て受講済みならば、教習期限を過ぎていても卒業検定は受けられます。
ただし、卒業検定を受けるには、「教習を修了した日から起算して三月を経過していない」こと、という条件があります。また、教習期限を過ぎてから卒業検定を受けて不合格になると、再度検定を受ける前に必須の補習が受けられませんので、その時点で卒業できなくなります。

教習期限の９カ月は教習所に入校をして入校式を終わって実技教習（学科教習含む）から９が月後で教習原簿が終わる意味なので、卒業試験とは違います。修了検定や卒業検定等は３カ月以内の合格ですので本原簿と少し離れますので注意が必要となります。

そのとおりです。
卒業後1年以内に試験場の学科試験に合格しないと、
最初からやり直しです。