第一段階のみきわめ教習は効果測定受かってないと受けれませんが、

第一段階のみきわめ教習は効果測定受かってないと受けれませんが、ＭＴ免許車のＡＴ教習は効果測定受けてなくても教習受けれますか？

学校ごとに細部は違います。直接学校で確認して下さい。

教習所によっても違いはありますが、技能のみきわめと学科の効果測定は別で存在します。
効果測定に受かっていなくても、みきわめは受けられるはずです。仮免許学科試験と修了検定はどちらも終わってないと受けられません。