現在、原付免許、普通免許、普通自動二輪免許を持っているのですが、全て初心者

現在、原付免許、普通免許、普通自動二輪免許を持っているのですが、
全て初心者期間です。
もし原付で違反し初心者講習を
受けてその後更に原付によって
違反した場合再試が有りますか？
もし再試があってそれに
落ちた場合全ての免許が失効してしまうのですか？

初心運転者講習は初心者期間に下記に該当した場合に対象となります。また、その点数は車両ごとの計算となります。
①1～2点の軽微な違反をして累積3点に達したとき
②3点の違反をして繰り返して違反をしたとき
③1回に4点以上の違反をしたとき
普通免許を保有しているならば、その下位免許である原付は初心者期間の対象ではありません。つまり、普通免許を取得した時点で、原付で①～③の違反をしても初心運転者講習にはなりません。
自動車もしくは自動二輪は初心者期間ですので、①～③の違反をして初心運転者講習を受けた後に、初心者期間内でさらに①～③の対象になれば再試験となります。
再試験で不合格になった場合はその対象の車両のみの免許取消し(失効ではない)となります。自動二輪で再試験になって不合格になっても、取り消させるのは自動二輪の免許だけで普通免許は残ります。

原付での初心者期間は、上位免許を取得した時点で終了してます。
なので原付での違反では
初心者講習の対象となりません。

仮に二輪免許が再試験の対象となり取り消されたとしても累積での取り消しでない場合は、その他の免許は残ります。

初心者講習
初心者期間に違反点数が3点以上（1回の違反で3点だった場合は4点以上）になったら初心者講習の対象となります。
初心者講習を受けなかった場合や、受けたが再度初心者講習の対象になった場合、再試験となります。