今年三月に原付免許を紛失しました。再発行はしていません。がもう期限が切れ

今年三月に原付免許を紛失しました。
再発行はしていません。がもう期限が切れているので取りに行かなくてもいいかなと思い放置です。
ちなみに三点引かれてます。
そして、今日教習所に
入校して聞いたところ「たぶん」大丈夫だと言われました。(本面のときに何か言われるかも知れないと言われました)
大丈夫なんでしょうか。
お願いします。

有効期限が確実に切れていれば大丈夫です。
免許の効力が有効であれば、再交付の手続きを行って教習所の入所や本免の受験の際に提示（合格後提出）しなければなりませんが、失効していれば問題ありません。
失効後6ヶ月以内の失効手続きというのは救済措置であって、手続きを行わず新たな免許を取得しても大丈夫です。
ただ、合計3点の違反点数は違反日より1年の無事故無違反期間があると累積されなくなるのですが、1年無違反というのは免許の効力が有効でなければなりませんので、効力が有効な間に1年無違反が成立していなければ普通免許は前歴0回累積3点での交付となります。
普通免許の取得に時間をかかるようであれば、1日でも早く1年無違反が成立するように失効手続きを行って免許を復活させておくのもいいかもしれません。（失効後6ヶ月以内に限る）

更新日時が過ぎても、６ヶ月以内でしたら再発行可能です。（因みに、自分は確かこち亀と言う漫画で知りました。）
ちょうど今月が６ヶ月目にあたりますので、早めに免許センターに行ってください。
http://www.unten-menkyo.com/2008/11/post_3.html