原付の免許証を学校に取られました。なのでまた新しく紛失などの理由をつけ

原付の免許証を学校に取られました。
なのでまた新しく紛失などの理由をつけて発行したら学校発行したことがばれるのでしょうか？

再発行したことは、免許証を見れば直ぐにわかりますからね。
免許証番号の数字が、1に成りますし何回かするたびにその数字は多くなります。
それに紛失もしていないのに再発行するということは、不正ということになるのではないかな。
学校で取得を禁止しているのにとったということなのでしょうから、バイクに乗って事故などをした場合には停学・退学などの貴方にとっては不利益が生じると思いますよ。
紛失したということを警察に届けなければ成りませんが、そのときはどのように警官に対して言うのでしょうね。
警察への紛失届けを出さないと、再発行も出来ないと思いますよ。

学校側にバレるかはわからないけど、
再発行すると、
免許証を見ると、何回再発行されたかわかるよ・・・。
そんな理由で、再発行しない方が良いよ。

発行することはできるかもしれませんが、その後何らかのヘマをしたらダブル免許が発覚し、書類送検ものです。
例えば過去に↓のような事件もありました。
学校に没収されて…免許証の再交付を求める
2004年7月2日(金) 22時09分
http://response.jp/article/2004/07/02/61809.html

乗りたい気持ちはわかります。
自分も学校に内緒で原付免許取ったくちです。
ですが、先輩から一言言わせていただきます。
人生長いです。いまバイクに乗らなくても、就職すればいくらでも飽きるほど乗れますよ！
そして公道を走るだけではすぐに飽きてくるので、サーキット走行をしたりジムカーナしたりすると良いと思います。
最終的には、車でサーキット走ったりジムカーナをするのが面白いですよ！
今は、一生懸命勉強して、自分のお金でバイクや車に乗れるような仕事に就けるようにがんばる時ですよ！
自分は、１０年ぐらい毎週のように、ジムカーナをしていましたが、ほんと楽しいですよ！
それと比べて原付で公道を走るのなんかは、まったく楽しくありませんし、あんな遅いバイクで走るのは、自分には苦行と思えるほどです（笑）。それは、あなたよりもっと楽しいことを知っているからそう思うのです。

そのくらい、あなたの車やバイクの世界には未来があります。
↓ジムカーナは、こんな世界です
http://www.youtube.com/watch?v=STLYjC79Wc0

本当は虚偽事実を申告して再発行は受けられませんが、現実はわからないでしょう。
お母さんが洗濯してしまってボロボロになったので知らないうちに捨てられちゃいました等、、、、理由はいくらでもあると思います。
他の回答者同様に”紛失又は汚損”で手元に無い旨を伝え、原付免許と同レベルで学科試験のみの小型特殊免許でも取得してしまえば大丈夫でしょう。警察や公安委員会から学校へ連絡がいくことは無いでしょうが、調子コイて大事故を起こしたり、重罪となるような違反(刑事事件相当)し身柄を拘束されれば間違いなく連絡はいくでしょう。当然 私立、公立を問わず退学の対象となります。
PS：教え子で警察官になったのもいて先生によっては裏から情報を得ていたこともありましたが現在は個人情報保護がうるさいので殆ど無いかと思います。

ばれませんが、取り上げる学校もひどいですね。
ただ、紛失したわけではないので、正直に理由を説明した方がいいですよ。
この機会に、小型特殊免許を取ってみるのはどうでしょうか。