私は今、普通AT車の免許取得のために教習所に通っています。下肢が不自由なた

私は今、普通AT車の免許取得のために教習所に通っています。
下肢が不自由なため、教習所に入校する前に免許センターの適性相談に行き、
「AT車の普通車に限る」という条件の審査結果をもらいました。
「普通車のAT車に限る」ならよくあると思いますが、前記の方とは何が違うのでしょうか？

“普通車のＡＴ車に限る”と記載した場合、“普通車はＡＴ車に限る”つまり
単なるＡＴ限定免許と誤って交付されるのを防ぐためではないでしょうか。
あくまで推測ですが、“ＡＴ車の普通車に限る”と限定された普通免許は
小型特殊や原付を運転すると免許条件違反として検挙されてしまうと
思います。詳しくは教習所で尋ねられてみては如何でしょうか。

免許証に記載される表記は、「普通車の」ではなく、「普通車は」となっているはずです。つまり、将来的に他の免許(例えば普通自動二輪免許)をとった場合も、普通車に関する条件はそのまま書き写せばよいように、あらかじめ「普通車は」と範囲を区切っているのです。
しかし質問者さんのもらった審査結果を素直に解釈すれば、「普通自動車免許はAT限定でとっていいけど、他の免許は駄目」ということになります。おそらく、「普通自動車はAT限定で取得を認めるけど、他の免許については可能かどうかの判定をしていないから許可するわけにはいかない」という状況なのでしょう。ですから例えば、その審査結果を持って、普通自動二輪のAT限定を取得しようと思ってもそれは認められない(そのままでは受験できない)、ということになります。
もちろん別の免許も、別途審査を受けて許可が出れば、取得することは可能です。その可能性がある以上、質問者さんが実際に普通自動車免許を取得すれば、その免許証に書かれる条件はやはり同じく「普通車はAT車に限る」となるはずです。

意味は全く同じですよ。

言っていることは一緒です。

並びが違うだけで意味は一緒だとおもうけど。