免許の更新について。現在住所は三重県にありますが、本籍地は京都

免許の更新について。
現在住所は三重県にありますが、本籍地は京都です。
免許の更新は三重県でするのか京都府でするのかどちらでしょうか？
また、三重県で更新する場合更新はどちらで行えばいいでしょうか？
ちなみに三重県伊賀市在住です。
よろしくねお願いします。

更新手続きは運転免許証の住所の県で行います。
①引越しをされて運転免許証の住所変更の手続きを既に済ませていれば、三重県の公安委員会より更新連絡書（更新ハガキ）が現住所に届きます。
ただし、更新期間間際の住所変更では届かないことがありますので、その場合はハガキなして三重県で更新手続きを行ってください。
まだ、運転免許証の住所変更を済ませていない場合
②更新期間がまだ先の場合には、住民票の交付を受けて警察署へ運転免許証とともに持参し、運転免許証の住所変更を行ってください。
そうすることで①と同様に、更新期間に近くなれば更新連絡書が届きます。
③更新期間が近い場合や既に更新期間内の場合には、更新期間内に三重県の更新場所へ住民票を持参して、更新手続きと住所変更を同時に済ませてください。
住民票の代わりに郵便物等の新しい住所が確認できるものを持参して住所変更を行うことも可能ですが、消印が必要であったり、公的機関からのものであったりと、県によって要件が違いますので、住民票を持参されることをお勧めします。
住民票の取得が面倒であれば、免許センターへ電話して「郵便物等の要件」を確認してください。
~運転免許センター免許管理室 電話番号：059(229)1212
更新場所
更新時に一般運転者、優良運転者に区分される人は、住所地を管轄する警察署（おそらく伊賀警察署になると思います。）で更新手続きが可能です。
月～金曜日に手続きを行い、後日水曜日に講習を受講します。
もちろん、運転免許センターで1日で済ませることも可能です。
違反運転者や初回更新者に区分される人も警察署で申請は行えますが、講習を運転免許センターへ受講に行かなければなりませんので、最初から運転免許センターで手続きを行ったほうがいいです。
~三重県運転免許センター 津市垂水2566番地
余談ですが、持参した写真で免許証を作成することができるようになりましたので、希望される場合は免許用写真を1枚持参してください。（従来どおり手続き時の撮影でよければ、持参は不要です。）
写真の要件・・縦3㎝×横2.4㎝、6ヶ月以内に撮影、無帽、正面、上三分身、無背景

本籍は一切関係ありません。
ノーマルには免許記載の現住所管轄施設です。
本籍・免許記載住所・住民票住所・（現実の現住所）
全部意味合いが違います。

免許記載住所が京都で住民票住所が三重、そして三重で更新したい場合、住所変更と同時に更新するのが良いでしょう。
三重県運転免許センター
三重県津市大字垂水2566番地
か
伊賀警察署
三重県伊賀市四十九町1929-1
で可能でしょう。
ただし、講習区分により受け付け時間が異なるし、個人情報なので電話での講習区分の問い合わせには応じないのがイマドキです。

免許記載住所が京都で、更新も京都でしたい場合、しらっと京都で更新可能です。

免許の更新は、現在の住民票をおいてある都道府県の免許更新センターか試験場になりますね。
または警察署でも出来る場所もありますし、更新の一ヶ月前くらいには更新通知葉書が届くと思いますのでそちらで確認されると良いと思いますよ。