普通自動二輪を持っていて普通自動車の免許を取るため自動車学校を卒

普通自動二輪を持っていて普通自動車の免許を取るため自動車学校を卒業したのですが、免許センターでの扱いは免許証記載事項の変更でいいのですか？

免許証記載事項の変更とは
引っ越しや結婚で住所や名前が変わった時に行うものだと思います。

免許の受験の扱いです。
学科試験免除で、教習所だと適性検査と免許証ができるまでの間の講習だけです。
受付時間が学科試験受験者と違う県が多いので、卒業した教習所か、県警察のホームページで調べてみてください。

現在、運転免許をお持ちで新たに同位免許を取得する場合は、併記手続きを行います。

これは自動車学校の卒業しているから技能試験が免除で、同位免許をお持ちだから学科試験が免除なだけで、手続き自体は一般の試験を受ける事と代わりません。
適性検査や取得時講習は普通に有ります。

普通二輪取った時と同じです。
学科が無いので、受付後の案内は少しちがいますが。
受付→待ち→写真→待ち→交付
でした。