あくまで仮定の話ですが、普通免許と二輪の免許を両方持っていて、普通車を運転

あくまで仮定の話ですが、普通免許と二輪の免許を両方持っていて、普通車を運転中に何らかの違反で免停or免許取消しとなった場合、
運転出来なくなるのは普通車だけですか？それとも二輪車もダメなのでしょうか？

両方アウトです。
ってか持ってる免許が全部消えます（涙）

免許証は１人に１枚ですよね。その１枚を取り上げられるわけですから、「どちらも乗ることができません。」です。・・・・・・・・・・・・・（＾￥＾）

「免許」が無くなるのです。
大型二種を持っていて、原付で違反をしても、大型二種ごと取り消しになります。

免許別れてないでしょ？
免停＝所持免許全部です。

両方無効です。大型、牽引、二種、全て取り直しなので気をつけてください。