AT限定の免許でＭＴ付きＡＴの車を常にＭＴモードで運転していて検問

AT限定の免許でＭＴ付きＡＴの車を常にＭＴモードで運転していて検問などに出くわした場合、安全運転義務違反などの違反で減点の対象になるのでしょうか？

運転免許の「AT限定」は、ギア操作ではなくクラッチ操作です。（だから本当はAT限定という名称がおかしい）
現行のGT-RもMTだけどクラッチ操作が不要なのでAT限定で乗られます。

クラッチがない車は全部AT免許で運転してOKです。

マニュアルでチェンジ出来るAT車でも、AT限定免許で問題無く運転出来ます。Porsche 911カレラSでもPDK付きならオッケーです。

なりません。
ATのMTモードは、あくまでも「疑似的にMTっぽく」するだけです。
クラッチ操作がない限りAT扱いです。
AT限定免許の定義として、クラッチ操作を必要としなければ ギヤチェンジ操作が手動でもAT限定免許で運転できます。
たとえば、今現在のGT-R(R35)は、ギヤ操作は従来通りですがクラッチ操作だけが自動になっているDCTという方式のトランスミッションです。クラッチ操作がないためAT限定でも運転できます。