自動車学校の期限についてです。昨年の11月1日に仮免許をとりました。仮免許の

自動車学校の期限についてです。
昨年の11月1日に仮免許をとりました。
仮免許の期限は今年の4月29日ですが、
修了証明書の期限が今月で切れてしまうようです。

修了証明書の有効期限は3ヶ月、
仮免許の有効期限は6ヶ月ですが、
修了証明書の期限が切れるとどうなってしまうのでしょうか…？

第二段階が全くすすんでいないので不安です。

「修了証明書」というのは、第1段階終了時に受ける修了検定に合格した際に交付される証明書で、この有効期限の3ヶ月間に仮免学科試験に合格しなければなりません。
合格できなければ、修了検定の合格が無効になってしまい、再度修了検定を受け直さなければならないというものです。
すでに、質問者さんは仮免学科試験に合格されて仮免許を取得されていますので、この修了証明書の期限はすでに関係ありませんよ。

~教習開始から9ヶ月の教習期限内に、すべての教習（第2段階のみきわめまで）を済ませてください。
~みきわめ修了から3ヶ月の卒業期限内に、卒業検定に合格してください。
~ただし、教習期限内や卒業期限内であっても、仮免許が失効すると、路上教習や卒業検定が受けられず、仮免許の再取得が必要になりますので注意してください。
わからないことがあれば、何なりと補足をしてください。