海外(ドイツ)出張の際に国際免許を取得しています。今回一時帰国

海外(ドイツ)出張の際に国際免許を取得しています。今回一時帰国をしますが、日本の免許は国際免許と引き換えに預けてあります。日本で運転するにはどうしたらいいでしょうか？申請方法等ありましたら教えて下さい。

質問文から判断すると、用語にミスがあると思います。
≫海外(ドイツ)出張の際に国際免許を取得しています。
とありますが、取得したのは「国際免許（国際運転免許証）」ではなく、日本の「国内免許」をドイツで切替する事により「外国免許」であるドイツ免許を取得されたのだと思われます。
（そもそも日本で入手可能なジュネーブ条約に基づく国際運転免許証（国外運転免許証）は、ウィーン条約しか締結していないドイツ国内では使えませんから。）
その場合、昔は確かに日本免許はドイツ政府で預かっていた様ですが、昔と違い現在では「その場で返却されたり、日本大使館（領事館）に返却されるようになった」との事です。大使館や領事館では、在留届の住所宛てに本人に運転免許証が返却されて来た旨を連絡しているとの事ですが、在留届が未提出であったり転居届が未提出であったりする場合は、本人への連絡が出来ない事になります。
従って未だ日本免許の返却がなされていないのであれば、ドイツ免許を切替取得した州の日本大使館（ないし領事館）に「ドイツの行政機関から日本の免許証が返却されて来ていないか」を問い合わせしてみるのが一番よろしいかと思います。
（上の情報は下記のリンクの在ドイツ日本大使館の「領事情報」に記載されています、御確認下さい。）
「領事情報」当該ページ
http://www.de.emb-japan.go.jp/nihongo/konsular/oshirase-nakami/071017untenmenkyo.html
「各領事館の案内」ページです。
http://www.de.emb-japan.go.jp/nihongo/konsular/liste.html

一般知識として述べますが、上記の様にドイツと日本はそれぞれ締結している「道路交通に関する国際条約」が異なるため互いの国で自国の運転免許が使えません。それを解消するため、ドイツと日本は「互いの免許証を有効に使用できる」内容の二国間条約を結んでいます。その為には翻訳証明書が必要で、日本に於いては「ＪＡＦ（社団法人 日本自動車連盟）」ないし「在日ドイツ大使館」による翻訳証明書が必要です。「ドイツ免許証＋翻訳証明書」で国際運転免許証と同じ様な使い方が出来ます。（制約条件も同じですが、、）
ＪＡＦの場合、英語表記の免許証以外は外部に翻訳を再委託しますので、依頼から２，３週間以上掛かりますし、お盆や年末年始を挟む頃であれば「１ヶ月掛かる」と言われる事もあるそうです。在日ドイツ大使館（領事館）での必要期間については詳細不明ですが、いずれにせよ「その場で即・交付とはならない」と思われます。
外国免許から日本国内免許への切替交付（略称：外免切替）であれば、ドイツは「確認試験免除特例国」に列挙されていますから、書類審査と適性検査だけで国内免許証が即日交付されるのですが、急いで取得したい場合のネックは やはり翻訳証明書の入手となります。
従いまして、年末年始に一時帰国して日本国内を運転されるのであれば、何としても日本の免許証を日本大使館（領事館）から返却してもらって下さい。
以上、ご参考になれば幸いです。

国際免許を返して、日本の免許を取り戻すしか方法はありませんよ。
日本発行の国際免許で日本国内を運転すると違反となります。
日本の免許+日本発行の国際免許を両方所持することで
日本以外で運転できるので、どこに預けたんですか?