住所について運転免許を受け取る時に東京の場合は住所が東京の方とあるんですが、

住所について
運転免許を受け取る時に東京の場合は住所が東京の方とあるんですが、住んでいる場所が東京で住民票とかの住所がほかの県の場合は、どのような扱いになるんでしょうか？

免許証にはどちらの住所が書いてありますか？そちらが東京になっていれば、住民票がどこであっても東京で免許の更新・追記ができます。
免許証の住所が住民票どおりであれば、都内の警察署に免許証と住所確認書類（消印のある手紙とか、電気代の領収書とか）を持っていって、住所変更の手続きをしましょう。裏面に東京の住所が書かれてスタンプが捺されたらそれで手続き完了です。次の発行替えのときに、新しい免許証の表面に反映されます。
警察の免許関係データベースと住基ネットとは今のところつながっていないので、この２つに別々の住所を登録できるのです。

質問が説明不足。
何等かの免許を初めて取得する初回免許取得時は住民票が重要で、その管轄の施設で試験を行ったりしますが、以降更新や新区分の追加等では住民票より免許記載住所。
住民票住所と免許記載住所は必ずしも同一とは限りません。

何処に住んで居るかは関係ありません。あくまで、住民票のある管轄になります。現住所で免許を受けたければ、住所変更しましょう。

住民票のある地域で受け取るはずです。私も住民票を移してなかったので、学生時代に上京してたときは、運転免許試験のためにわざわざ帰省してました。
そもそも住所変更自体してないのですから・・・・