東京都清瀬市在住です。運転免許書を紛失してしまったのですが、警察署

東京都清瀬市在住です。運転免許書を紛失してしまったのですが、警察署も無く、再交付してもらうにはどうしたらいいのでしょうか？

警察署がないということはないでしょう。清瀬市は東村山警察の管轄ですので、東村山警察署、または交番、派出所などに遺失物の届けを出しに行きましょう。
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/8/higashimurayama/index.htm
再交付は清瀬市の方でしたら府中運転免許試験場での手続きとなります。詳しくはこちらへ。
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/menkyo/basyo/fuchuu.htm

とりあえず東村山警察署に行き、聞けば？

まず最寄の警察署か交番に遺失物として届け出てください。
そのうえで運転免許試験場で再交付の手続きを行います。
都内では、江東、鮫洲、府中の３箇所ですので
最寄は府中運転免許試験場になりますね。
必要なものは写真（3x2.4cm、1枚）
住所、氏名、生年月日を確認できる書類
（保険証、社員証、学生証、住民票等）
※遺失届けが必要な場合があります
ちなみに清瀬市を管轄している警察署は東村山警察になりますよ。

東京での再交付手続きは運転免許試験場のみで行っています
こちらを参考にしてください。
http://www.unten-menkyo.com/2008/07/post_4.html