普通自動車免許を持っていて、例えば４００ccのバイクに無免許で乗った

普通自動車免許を持っていて、
例えば４００ccのバイクに無免許で乗ったとしたら
車の免許は剥奪されるのでしょうか？

剥奪されます。
点数が１９点になりますので欠格期間が１年になります。
絶対にやらないほうがいいです。

車の免許もはく奪されます。

はい、免許取り消しになります。
全ての免許が取り消しになりますよ。
違反は、持っている免許の種類に対してかかるのではなく、違反した本人にかかります。
ですから、たとえ免許を何も持っていない状態で無免許運転しても、免許取り消し処分となり、取消処分者講習があります。