先ほど、警察署で免許の更新の手続きをしてきました。（初回）事故や体調の紙が

先ほど、警察署で免許の更新の手続きをしてきました。（初回）

事故や体調の紙があったのですが、該当しない場合はこちらにと書いてあったので、
そこにチェックしたのですが、該当しないにチェックした場合は体調もいいし、賞罰、違反もないという事になりますよね??

その通りです。ご心配なく。警察は自己申告レベルでは何もしません。更新時に受けた検査で判断します。

体調ではなく「何か持病や怪我をしていないか」の書類のことではないでしょうか？最近のニュースでやっているように、持病にてんかん、心臓病などの運転に危険を及ぼすものがある場合は申告しなければいけないことになっています。
体調良好、罰則や違反の有無を調べる書類ではありません。あくまで、運転に重大な危険を及ぼす持病がなければ、該当しないで大丈夫です。