来年平成25年度に更新し、３年後の平成28年度更新まで無事故無違反

来年平成25年度に更新し、３年後の平成28年度更新まで無事故無違反を続けても、28年度に取得する免許証は３年になるのでしょうか？

質問者本人が現在保有している運転免許証の内容次第ですが、初心者で何らかの免許を最初に取得してから初めて更新する場合(グリーン免許の場合)は、最初の更新である平成25年は３年のブルー免許であり、２度目の更新が行われる平成28年には、過去の５年間に無事故無違反であれば、５年のゴールド免許が交付されます(更新時の年齢が70歳未満の場合)。
ただし、現在保有する免許証がブルー免許(初心者でない)で、過去５年間に違反キップを切られた経験がある場合、違反した年月日や、違反点数や違反回数の内容によりますが、来年の平成25年の更新時には、３年のブルー免許もしくは５年のブルー免許が交付されます。

細かい違反の点数がわからないのでなんとも言えませんが、今後無事故無違反だったとして少なくとも直近の更新で青、次回更新が三年ないし五年の青、次次回更新でゴールドです。

最後の違反から、５年間無事故無違反なら、ゴールドです。