ほぼ毎日原付を運転し、たまに車の運転もする会社での出来事ですが

ほぼ毎日原付を運転し、たまに車の運転もする会社での出来事ですが、
最近始めた免許のチェックで、原付しかもってない社員を発見しました。
車を運転していた件に対し質問すると、
「国際免許」で「ちょいややこしい」
との回答。
詳しく説明せよと追及すると、
フィリピンで取った車の免許を日本でも使えるように国際免許の手続きを
しているとの事でした。
しかし、私の知る限り、国際免許の有効期限は１年で、更新するためには
一旦、フィリピンへ３ケ月ほど滞在しなければならないんですよね？
彼は日本人ですが、入社３年、１回も長期休暇をとっていません。
これって嘘をついているのでしょうか？

国際運転免許証は、基になる運転免許を発行した国（この場合フィリピン）の行政庁しか発行できませんから、他の回答者の方が仰っているような「国際運転免許証の番号を日本の警察に確認する」と言うのは意味の無いことです。
国際運転免許証を使用する要件は、質問者さんが書かれている通りで、日本に住んでいる方は（外国人登録済みの外国人を含め）「日本を出国後、３ヶ月以上経過してからの帰国上陸日から１年間」しか国際運転免許証での運転はできません。
（その場合の滞在国は必ずしも免許取得国である必要はありません。）
従って、その従業員の方がウソをついているのか・本当に使用要件を知らないのかは判りませんが、３ヶ月以上の長期休暇を取得した事が無いのであれば、現在その方が日本では運転できないのは確かです。
（数年前にタレントの松崎しげるや島田陽子が国際運転免許証の要件違反で捕まった件は結構有名な話ですから、例えばその従業員の方が極端に若い方でないのならば、ホントは運転出来ない事は知っていた可能性が高いのではないかと思います。）
問題が大きくなる前に、①その方に自分から辞めて頂くか、②さっさとクビにするか、③今までの事は目をつぶってやって今からでも教習所に通わせて免許を取らせるか、を選択した方が良いです。
何か事故を起こしてからでは、会社自体の管理責任を問われますよ！
【追記】
有効な外国免許証を所持している方で、その外国免許を取得してから取得国に「通算３ヶ月以上」滞在していれば、その外国免許を基に国内免許への切替交付（俗に言う「外免切替」）も可能です。
しかしフィリピン免許の場合は「偽造免許証の横行」や「免許取得時の不正取得（裏金で免許を買う）」などの問題が多発しているため、全国的に殆んどのケースで申請の受付を拒否されている様です。
またフィリピンの運転免許証には「有効期限」の記載は有っても「免許取得日」の記載項が無いため、免許取得日を証明するためには領収日付の入った「免許証交付手数料領収書」を免許センターに提示する必要があります。その領収書を保管していない場合にも外免切替の申請は出来ません。
その従業員の方が「フィリピン免許の切替で国内免許を申請します」とか言って来た時のために、「そんなに甘いもんじゃないよ」と説明する為の知識として お役に立てば幸いです。

会社側の管理責任が問われるでしょうな。彼に辞めて(虚偽申告なら解雇対象)頂くしかないでしょうね。
免許証番号を控えて公安委員会に照会すれば直ぐに事実かどうかが判るでしょう。

うそかどうかは別として、免許証は確認したのでしょうか？
それですべてが解決するはずですけど？
免許証を持っているといい、もっていない人はたくさんいますよ。
詳しいことがわからなければ、警察に相談してはどうですか？