原付免許を取得して1年後、普通自動二輪免許を取得してから1年未

原付免許を取得して1年後、
普通自動二輪免許を取得してから1年未満に原付きバイクを運転して交通違反した場合、
初心運転者期間として扱われるのですか？

それとも原付きに関しては本期間となるのでしょうか？

初心運転期間は、その免許に対して取得してから1年間です。
しかし、例外があり、上位免許を取得した場合、下位免許に関しては、本期間に入ります。
つまり、あなたの場合、普通自動二輪免許を取得した時点で、原付に関しては本期間です。
もし、大型自動二輪免許を取得したら、普通自動二輪免許は本期間になります。

初心運転者特例は新規に取得した免許のみ該当しますので、
原付バイクの違反は特例分の点数には加算されません。
仮に原付免許取得から１年以内に二輪免許を取得した場合でも
その時点で原付の初心運転者期間は終了します。