現在、「普通自動車免許」と「原付免許」を持っているのですが、これから「

現在、「普通自動車免許」と「原付免許」を持っているのですが、これから「普通二輪」の免許を取得した場合、免許証には追加で記載されるのでしょうか？
それとも今まで記載されていた「原付」の表記が消えて「普通自動車免許」と「普通二輪」の２つだけの記載になるのでしょうか？

過去に取得した物は消えません。
二輪を取得した時に二輪の場所に入ります。
追加って書かれてますが、二輪には小型、中型、大型と種類がありますよね。
小型を持っていて中型と取得した場合のみ裏側に中型と判子を押してくれるのです。
これは更新の時に条件で中型が入るのです。
私は中型を取ってから大型をセンターで取ったのですが後ろに限定解除の判子は勲章で自慢の免許だったんです。

原付の表記は消えないのでは？……普通車免許で原付ＯＫですが別々に表記されてますので
ちなみに大型免許で普通車に乗れますが、これも別々に表記されてます！
個別に取得した免許は全て表記される様です！

『原付』と『普通』の2種類と、『普通自動二輪』のマーキング位置が違いますので、新たに『普通自動二輪』を取得しても消えたりしません。
・・・・
更新時に失効させて、期限切れから半年以内に再交付を受けた時には『原付』の表記は消えます。この場合『普通自動車』免許や『普通自動二輪車』免許は、下位である『原付』を運転する資格がありますので、敢えて表記する必要が無いからです。
表記がされていないのと、免許資格が無いとはイコールになりません。表記がされていなくても、上位免許を持っていれば運転資格があります。

そのままの表記です。
自動二輪で表記が消えるなら自動車免許取得の時点で消えています。

過去に採った免種は消えません。
単純に新たに取った免種が追加されます。