よく、免許証を更新した時に古い方の免許証に、パンチ穴を空けて使え

よく、免許証を更新した時に古い方の免許証に、パンチ穴を空けて使えないようにしていますが、
それでいくと免許証に誤ってパンチ穴を空けてしまったら使用出来ないという事になるのですか？

パンチ穴は、あくまでも無効なものであることがわかりやすいようにするためのものです。
古い免許証の番号が、使用不能として登録されています。
誤解を受ける行為ですが、わざと（誤ってパンチ穴を空けるなんてことは起こりませんよね）パンチ穴を空けたら、警察官には疑いの目でみられるでしょうね。
注意が必要なのは、免許証番号が読み取れないものや顔写真が欠落しているもの。ＩＣチップを損傷させているものは不正な免許証として取り扱われるかもしれませんので注意が必要でしょうね。

警察相手なら免許証の照会で解決するでしょうが、白い目で見られたり、通常より長い時間拘束されたり、お説教されたり、破損状況次第では再交付を命じられるのは致し方ないでしょう。
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/menkyo/saikoufu/saikoufu01.htm
照会の出来ない民間などでは、身分証明書としての使用が出来ないこともありえるでしょう。