原付と自動二輪の免許を持っているのですが、原付で違反した点数と二輪で違反

原付と自動二輪の免許を持っているのですが、
原付で違反した点数と二輪で違反した点数は合計されますか？別々に加算されますか？

交通違反の点数というのは全ての車両の合算の点数となります。したがって、原付と自動二輪の違反点数の合計になります。
ただし、初心運転者講習だけは違います。初心運転者講習はその対象となる車両のみの点数で計算されます。原付と自動二輪の免許を保有しているならば、自動二輪が上位免許となるので原付の点数は初心運転者講習の対象外です。
自動二輪の初心者期間内に自動二輪で累積3点の違反をすれば初心運転者講習となります。

君は運転免許証を何枚持っていますか？

合算されます。
罰則は 「車種別」 ではなく、「所持者」 に科されますから。
でなければ、
原付で免停→自動二輪に乗る→自動二輪で免停→自動車に乗る
なんて 「都合のいい事」 が可能になってしまいますから。

私の記憶間違いで 無ければ 合算されます原付で 免停に なって 自動二輪に 乗れるわけありませんから

合計されます。
車とバイクでも同じ事です。