普通自動車免許取得者が原付に乗っていて３０キロを超え、警察に

普通自動車免許取得者が原付に乗っていて３０キロを超え、警察に捕まった場合、罰則はどういったものですか？

『速度超過違反』です。
普通自動車免許を所持していようが関係ありません。

原付の法定速度は30キロなので、その速度を1キロでも超えて警察に捕まった場合には速度違反になります。
車の場合は15キロオーバー以上でないと捕まえない場合は多いですが、法定速度が低い原付の場合には少しでもオーバーしていれば捕まえる警察官もいます。
原付でも速度違反の点数は車と同じで、反則金が車よりは少なくなります。

正直３０～４０出しても捕まらないと思います
５０未満は捕まらない自信は無いけど大丈夫だと思います
用はサジ加減だと思います(あんま調子こいてるとってやつです)
罰則はオーバーした速度とかから算出するんだと思います。

普通自動車免許を持っているかどうかは全く関係ありません。
たとえ、大型自動二輪免許を持っていたとしても、運転免許をすべて持っていたとしても同じです。
何km/hオーバーしたかで変わります。
たとえば、50km/hオーバー(80km/hで走行)した場合は、
違反点数12点
6月以下の懲役（過失の場合は3月以下の禁錮）又は10万円以下の罰金
となります。
初犯であれば、免許停止となります。
他の違反もあれば、場合によっては、免許取消になります。
普通自動車免許をもっていれば、すべての免許に対して免許停止や免許取消になりますので、普通自動車も停止になりますし、普通自動車免許も失うことになります。

超過した分の速度違反ですよ。
４輪の免許をもっていようが、自動二輪免許を持っていようが、「原付」はあくまで３０キロ制限です。