免許についてなんですが4ヶ月前に2点引かれまして1週間前に1点を引かれ3ヶ月後

免許についてなんですが4ヶ月前に2点引かれまして1週間前に1点を引かれ3ヶ月後にもどって来ると言われたんですけど2点は戻って来てるんですか？ ちなみに初心者です。

初心者期間ならば点数は戻っていません。
誰から3ヶ月後に戻ると聞いたのかは分かりませんが、その特例は「過去2年間無事故・無違反の者が3点以下の軽微な違反をして、それから3ヶ月間繰り返して違反をしなければ点数は0になる」というものです。
貴方は初心者期間で2年間運転していませんので、この特例には該当しません。
現在の累積点数は4ヶ月前の2点と1週間前の1点で3点になります。
軽微な違反をして累積3点に達しましたので初心運転者講習となります。この講習は貴方が通っていた教習所で行われ、通知は1ヶ月以内には送られてきます。
初心運転者講習は通知を受け取ってから1ヶ月以内に受けないとなりません。この講習を受けなかった場合には、免許取得1年後に再試験を課せられて、その再試験で不合格になれば免許取消しとなります。

最初の違反から一年以上あかないと違反点数はドンドン累積されていきます。最後の違反から一年以上無事故無違反だとそれまでの累積点数に次の違反点数が累積されなくなります。また最後の違反から２年以上無事故無違反だと例え軽微な違反(三点以下)をしても３ヶ月経てば、その違反の累積点数は次回の違反に累積されなくなります。良く勘違いされるのは免許点数制度は持ち点からの減点方式ではなく全て累積(加算)方式です。無事故無違反の人は累積０点になっています。また上記の特例で累積されなくなっても違反歴は残ります(違反歴は消えません)
＞質問者さんの場合は現在の累積は三点。
累積三点が次の違反に累積されなくなるのは一週間前に違反した日から一年後になります。途中で二点だけ消えることはありません。

多分戻って来ませんね。
１）過去三年まで遡る。
２）一年以上無事故無違反通せば過去の点数は消される。
３）二年以上の無事故無違反期間後に軽微な違反の場合、違反以降三ヶ月の無事故無違反でその違反点数は消える。
が、主なカウント方ですが、初心者との事ですから③は無い。
②を適応する為に、今後一年以上の無事故無違反を目指すわけですが、めでたく達成したアカツキには四ヶ月前の違反も一週間前の違反も引っくるめて消えます。
これとは別に、累積３点いっちゃいましたから初心運転者講習の対象になるかも知れません。
これだけは取得した特定の免許区分毎に別カウントになりますが、普通一種取得者は原付きの違反ではこの対象にならない等、あくまで免許区分毎の計算ですので、質問内用だけでは分かりかねます。

最後の違反から丸1年と記憶してます。
ですから、３点マイナスのまま、後１年過ごすはずですが？
違ってたらごめんなさい。

初心者ですから、普通？とはちょっと違います。
残りの日数（取得後1年以内）の間に、1～2点の違反をした場合は「初心運転者講習」を受講することになります。
受講しないのは自由ですが、その場合は再試験となり、不合格なら取り消されます。
さらに軽微な違反をして、累積6点になった場合は「通常の行政処分＋初心運転者特例」が適応されます。
軽微な違反ではなく、6点以上の違反をした場合は、行政処分になります。
6点の場合でも2+6=8点となるので、60日の停止処分です。
1年間無事故無違反で過ごせば、前歴0・点数0になりますから、法令を守って走行して下さい。
蛇足ですが
2年以上の無事故無違反歴があれば、3点迄の違反は3ヶ月無事故無違反なら0点に戻ります。

通常は違反で加点されます。
もっと勉強してください。