現在普通免許を所持しています。新しく自動二輪免許を取得しました。免

現在普通免許を所持しています。新しく自動二輪免許を取得しました。免許更新は警察署でも出来ますか？

更新は警察署でも出来ますよ。
しかし、
「新しく自動二輪免許を取得しました。」
これが、教習所などを卒業したという意味なら、二輪免許はまだ取得したことにはなりません。
その場合、「更新」ではなく、試験場に行って、自動二輪免許試験を受ける必要があります。

運転免許証というのは1枚しかなく、その中に普通免許と自動二輪の免許が入っています。
警察署で免許更新が出来るのは優良運転者(ゴールド免許対象者)のみです。
それ以外の運転者は各都道府県の免許センターで更新になります。

失礼しました。
お近くの警察署に問い合わせて見てください。