国際免許に関してインドネシアの友達が５年ビザで日本に滞在していてバイク

国際免許に関して
インドネシアの友達が５年ビザで日本に滞在していて
バイクの免許を取りたいといっています
本国ではとっているようなのですが、この場合は
国際免許の手続きになりますか。 それとも初めから
教習など受けるべきなのでしょうか？

インドネシアはジュネーブ条約に参加していないようです（日本は参加している）。ので、インドネシア発行の国際免許は日本国内では通用しません。
日本国内で車を運転したい場合は日本で国内免許を取得するのがノーマルでしょう。
試験場で取得にしろ教習所で取得にしろ、最終学科試験の試験場対応としては都道府県単位で異なりますが、英語等外国語の問題用紙がある所が多いです。
何ヶ国語に対応しているか、それは何語か等は様々ですから、免許センターへ問い合わせの事。