普通免許を合宿で取得する場合、教習所で取得する時のように最後は

普通免許を合宿で取得する場合、教習所で取得する時のように最後は免許センターで試験受からないと免許貰えないのでしょうか？

自分もはじめは疑問に感じてました。
合宿教習所でも一般教習所でも最後は現住所の県指定の免許センターで
試験に受からないと免許はもらえませんでした。
合宿の場合は、短い期間でまとめて教習を行うだけであとは項目的には一緒だと思いますよ。

自宅の代わりにホテル等に宿泊して教習所で学ぶのが合宿免許となります。

"合宿免許"と呼ばれるものは、合宿施設（ホテル・寮等）がある教習所の事です。
同じ教習所（公認）ですので、通いであろうが合宿であろうが、卒業すれば技能試験が免除に成ります。
後は運転免許センターで学科試験を行い、合格すれば免許証が交付されます。

本来、国の資格である運転免許です。
教習所を、専門学校と捉えれば理解しやすいでしょうか？
公認の教習所では、国の行う実技試験免除というところまで、一定の条件の下、可能となります。

そうですね。教習所は実技試験が免除になるだけですので学科試験は免許センターで受けないとダメですね
。合宿も同様です