ただいま普通二輪免許を取得中です。居住地と教習所は京都府なのですが住民票

ただいま普通二輪免許を取得中です。居住地と教習所は京都府なのですが住民票は長野県です。このとき免許の発行(更新？)はどちらの運転免許センターで行ったらいいのでしょうか？

初めて免許を取るなら、住民票所在地で学科試験。これは絶対。
既にほかの免許を持っていて、新たに免許を取る場合は、免許証登録の住所の都道府県。これも絶対。
引っ越ししていて引っ越し先で試験を受けたいなら、住民票を移動する。もしくは、さらに免許の住所変更もすること。

住民票が長野県であれば、免許交付は長野です。
法律上は、現在住んでいる住所と、住民票のある住所が違う。ということがあり得ないため、あなたのような場合は考慮されていません。
あきらめて長野の免許センターで免許交付するか、住民票を京都に移してから免許交付をしてください。