現在、原付免許を持っていて、新たに小型特殊免許を取得したとします。そのときに、

現在、原付免許を持っていて、新たに小型特殊免許を取得したとします。そのときに、小型特殊に落ちた場合、免許証は写真は変わらずに返ってくるのでしょうか？

小型特殊免許受験
受験の時は、受付カウンターで免許証を提示して見せるだけなので、預けることはありません。
都道府県によっては、受付で免許証を預けるのかもしれませんね。
その場合は返却されるのは、当然現在の免許証なので写真はそのままです。
原付に合格しているのだから、自信を持ちましょう。
知恵袋の過去質問やYahoo!検索で「小型特殊 受験」を探すと、小型特殊独特の問題が出ていたような…

新たな車種の免許の学科試験合格時に現在の免許証は新しい免許証と引換えになりますので、不合格の場合はそのまま持っていることになります。

小型特殊の試験に落ちたら、免許証は預けることもないし、手元にあるままだと思いますが。