中型運転可のAT限定免許を持っています。今は中型免許が別にできて

中型運転可のAT限定免許を持っています。今は中型免許が別にできていますが、ATが中型可ならMTを取得した時に中型可の免許になりますか?

中型（８ｔAT限定）の人が、AT限定を解除すると、中型（８t限定）となります。
時々、指導員資格の関係で、それをできない教習所があるので、教習所に通うなら一度といあわせてみてください。

ちょっと文章がわかりづらいのですが、
中型８ｔ限定＋AT限定となっている免許をお持ち、ということでしょうか？
AT限定解除審査を行った場合は、中型８ｔ限定になるだけです。
AT限定解除審査をすればそうなりますが、
中型８ｔ限定解除審査というのを受けた場合は、AT限定と８ｔ限定がなくなり、新制度の中型免許になります。

ちなみに、大型自動車免許を取得すれば、中型８ｔ限定も、AT限定もなくなります。

ＡＴ限定解除は、中型８ｔ限定の人でもセダンで教習・試験をします。試験場での手続きが終われば、ＭＴの４ｔトラックに乗れるようになります。
８ｔ限定を解除する場合、原則として８ｔ限定とＡＴ限定を両方同時に解除します。使用する車両はＭＴの５～６ｔ積トラックです。
左足がうまく動かない障害があってＡＴ限定になっているような場合は、教習車と同じくらいの寸法のＡＴのトラックを免許センターに持ち込んで試験を受けることになるでしょう。

なりません。AT解除と限定解除は、別物です。教習時間、料金など全く別物です。

中型ＡＴ（８ｔ限定）の方がＡＴ限定解除しても
中型（８ｔ限定）になるだけで
８ｔ限定の解除はされません。
ＡＴの限定解除をしたいのであれば
中型ＭＴの免許を取得すれば
８ｔ限定とＡＴ限定を同時に解除できます。