最初に普通自動車免許を取って次にバイクの中免を取ったんですが

最初に普通自動車免許を取って次にバイクの中免を取ったんですが、今のままでも原付は乗れますが、免許証の中に原付がついてないのでそれをつけたいんですがどうすればいいでしょうか？

すでに普通免許や普通二輪免許を所持しているのなら、原付、小型特殊を免許証に載せたい場合は、一度運転免許の取消し申請手続をしなければできません。
普通免許、普通二輪免許を返納しなければならないので、また免許を取り直さなければなりません。なので、時間と金銭にかなりの余裕がないとやらない方が良いですよ。

普通自動車免許や、普通自動二輪免許には、原付に乗れる資格があり、すでに持っている資格を再度取得することはできませんので不可能です。
どうしても埋めたければ、すべての免許を返上し、最初から取り直すことです。

今の免許証はそれ程でもないのですが、昔の免許証はど真ん中に原付だったのです。
年齢もそうですが、免許を増やしてた時ですから真ん中に無いって寂しく思い試験官に話した事があるのですが。
その時の話です。
試験を受けに着たら別に拒否は無いでもセンターはお前に付き合うほど暇ではないと怒られました。
受けるのは自由でしょうが、色々思われてると思ってください。

免許証にマジックで黒丸を書くんですよ。

普通車の免許を取るときに、原付にも乗れると習いませんでしたか？
忘れているようなら、一度返納して原付から取り直し勉強しなおすことをお勧めします。

意味ないです、原付は乗れますので
取得する意図が分かりません。
資格で、２級を取得して
更に下位の３級を取得するようなものです。