免許証の有効期限に気づかす6ヵ月以上たってしまいました。仮免許が交付

免許証の有効期限に気づかす6ヵ月以上たってしまいました。仮免許が交付できるのは分かったのですが、本免許を取得するためにもう一度教習所に通おうと思います。仮免許があれば途中入校できる教習所はありますか？

たくさんありますよ。
お住まいの県の指定自動車教習所協会(自動車学校協会)のホームページから、指定自動車教習所を検索できるので、第二段階からの入所が可能か調べてください。
まだ免許センターに行っていないなら、再交付できちゃったって話も聞いたことあるので頑張ってください。

ほとんどの公認（指定）教習所に第2段階から入校は可能です。問い合わせてみて下さい。
なお、特例があります。こちらに当てはまっていれば、（本）免許の再交付が可能です。
海外旅行、海外勤務、入院等、「やむを得ない理由で失効後6ヶ月以内に手続ができなかった方で、その事情が止んで1ヶ月以内、かつ失効後3年以内」の方は以下の手続き等を行うことによって保有していた運転免許を再取得することが出来ます。

仮免許になるのが当たり前で、だめで、もともとなんですから
1度、免許センターに直接行ってみましょう
なぜか再発行できる場合もあります
（６ヶ月と２日で再発行してもらった人がいます）