教習所で自動二輪免許取得の資料を貰ってきたのですが、現在普通自動

教習所で自動二輪免許取得の資料を貰ってきたのですが、現在普通自動車免許しかない為、ＡＴ小型二輪免許がなければ、中型や大型は受けれないといわれたのですが、ＡＴ小型二輪でも高速道路は走行できるとききました
遠出の際はやはり中型や大型の方がいいのでしょうか？また、中型・大型共にＡＴ・ＭＴがあるという説明を受けたのですが、実際当方原付しか運転した事が無い為、どれを取るべきかかなり悩んでいます。値段も違いますし・・・特にこれに乗りたいというのはないのですが、高速道路で5.6時間の距離を走行すると仮定した場合、何かおすすめはありますか？

小型免許を持っていないと中型(普通二輪免許)の教習を受けられない教習所があるんですね。
ほとんどの教習所は免許がない人でも普通二輪の教習は受付てくれますよ。
普通二輪小型限定免許で乗れるバイクは125cc以下なので、高速道路を走ることができません。126cc以上のバイクならば走れます。車両区分の小型二輪車と、運転免許の小型限定を混同したのでしょう。
教習所に通うなら、普通二輪の限定なし(MT)で教習を受けましょう。乗れるバイクを限定する必要ありません。
高速道路を走るなら、400ccだとホンダのCB400スーパーボルドールのようにカウル付きでアップハンドルのバイクが快適に走れます。
ビッグスクーターも楽チンですが…

小型限定がなくても中型を取れる教習所のほうが多いです。中型がないと大型を取らせてもらえないところは珍しくないですけど。
小型では高速道路に乗れないので、中型を取ることをお勧めします。大型までは必要ないでしょう。
AT限定と限定なし（いわゆるMT）とがありますが、運転は実はMT車のほうが簡単だそうですので、MTで申し込むことをお勧めします。クラッチ操作がどうしてもできない場合はAT限定への変更ができます。
買うバイクは250ccクラスのビッグスクーターがラクでしょうね。251cc以上だと車検がありますし。

私事ですが、試験場で普通二輪小型AT限定を2回でパスしました。
普通自動車免許があるようでしたら、学科免除なので普段原付バイクを乗っているようでしたら
1度受験する価値はありますよ。
ちなみに小型ATを教習所で取得の場合、7万円前後ですが、1発試験の場合、申請料、受験料、合格後の取得時講習
などで2万円ちょっとで取得できます。（1回でパスなら2万円切ります。）
また、普通二輪（400ｃｃ以下）の免許を1発（MT、AT）も受験できます。
小型AT限定を持っているだけで、その後の普通二輪（400CC以下）の免許も限定解除教習などを受ければ
取得が可能です。
ちなみ普通二輪小型AT限定免許（125CC未満）では高速は乗れません。
バイクは好みもあるようです。気に入ったバイクを購入することをお勧めします。

差し出がましくて申し訳ないですが、まずは二輪免許について整理しましょう。二輪免許の種類は少し大きく分けて以下の通りとなります。

・普通自動二輪免許（小型限定）－１２５ＣＣ以下の二輪車を運転でき、１６歳以上で取得できる。
・普通自動二輪免許（限定なし：俗に言う中型）－４００ＣＣ以下の二輪車を運転でき、１６歳以上で取得できる。
・大型自動二輪免許－すべての二輪車を運転でき、１８歳で取得できる。

本題に入ります。まず全ての二輪免許に関しては、年齢さえ資格要件に達していれば、取得できます。免許経歴などは一切関係あります。

また、小型二輪車（１２５ＣＣの二輪車）では高速道路を運転できません。ゆえに、移動距離や車体維持費等の事情を熟慮すれば、普通二輪免許（限定なし：４００ＣＣ以下）の取得、及び該当する車体の購入をお薦めします。

ただ、長距離の高速走行ともなると身体への負担も大きくなることが考えられますので、少し余裕があれば、大型二輪自動車を検討しても良いかもしれません。
最後に私からのアドバイスです。一般論になりますが、どうせＡＴ限定で取得されるなら、ＭＴ車（限定なし）で取得した方が良いかもしれません。なぜならば、ＡＴ二輪車（スクーター）にはタンクがなく、ニーグリップ（膝でタンクを挟む技術）の動作が理論上不可能となるため、車体の安定を保ちにくくなり、コントロールがしにくくなるからです。一本橋やスラローム等の課題実践の際に、その事実を実感すると思われます。

小型二輪(125cc未満)はＭＴでもＡＴでも高速道路走行不可です。
高速道路を長時間走行するなら排気量が大きいほうが楽ですよ。
250ccより400cc、400ccより750ccです。
小型二輪からではなくいきなり普通二輪や大型二輪を取らせてくれる教習所もあります。
小型二輪は意味がないので普通二輪(400cc未満)から取ったほうがいいですよ。

高速道路で６時間の移動でしたらやはりロードタイプのデカイ方が断然楽ですよ。