免許証を失効して仮免許証（MT）を発行していただいたのですが、教習所でAT

免許証を失効して仮免許証（MT）を発行していただいたのですが、教習所でAT免許で取得したいのですがいいんでしょうか
？

可能です。
所持されていた免許に応じて限定条件のない仮免許が交付されたに過ぎず、免許の取得条件を制約するものではありません。
限定なし、AT限定のいずれでも仮免入所が可能です。