普通二輪ＡＴ限定の免許を持っていたら、普通自動車の免許をとる時、最後の

普通二輪ＡＴ限定の免許を持っていたら、普通自動車の免許をとる時、最後の本試験は免除になるんですか？

はい、免除になります。
普通自動車だけでなく、中型自動車や大型自動車、大型特殊自動車、大型自動二輪などなど・・・
他の免許を取得するときも学科試験免除です。
原付、小型特殊自動車。
この二種類の免許「以外」の免許を1度取得すればその後の学科試験は免除です。
ただし、二種免許(タクシーや路線バス等の人を乗せる商売)の場合は二種免許用の学科試験があります。