去年の３月までに免許証の更新をしなければならなかったのですが、海外に長く滞在

去年の３月までに免許証の更新をしなければならなかったのですが、海外に長く滞在していたため、更新ができませんでした。あげく、海外で免許証をなくしました。MT普通運転免許とMT中型免許を取得していました。
この場合、再取得するための手順を教えてください。補足もう一度試験の受けなおしということにはならないでしょうか？それが心配で。

一般に「失効から６ヶ月以内」であれば理由の如何を問わずに「うっかり失効」として再取得が可能ですし、６ヶ月を過ぎて１年以内」であれば仮免許は交付してもらえますので、免許センターでの学科・実技の再試験を受けての再取得となります。
海外在住や長期入院など「止むを得ない事情」と認められる時は、更新可能期間を過ぎても期限切れから３年以内であれば書類申請のみで免許の「再取得」が可能です。
しかしその「止むを得ない事情」が止んでから（質問者さんの場合は海外から帰国してから）１ヶ月以内に手続きを行わないと「再取得の意思なし」とみなされてしまい申請が不可能となってしまいますので、その場合は再度試験を受けなければなりません。
必要書類などの参考に各都道府県警察の上部機関である「警察庁」の当該ページのリンクを付けますので御自分でも御確認下さい。
（警察庁ＨＰ：運転免許関係諸手続き）
http://www.npa.go.jp/annai/license_renewal/home.html
（↑の「日本の免許をお持ちの方（海外在住）を参照下さい。）
他に何が必要となるかは手続きをする地域の免許センターに御確認してください。
以上、ご参考になれば幸いです。

所轄の警察署にパスポートを持参して、海外にいたため物理的に更新が出来なかったとの証明を受けて下さい。
その際に紛失の件も話して下さい。
もしかしたら免許センターの扱いになるかもしれませんので、１日仕事になる可能性があります。

補足を読んで
帰国して何ヵ月も放っておいたのなら、再試験の可能性もありますが、更新手続きが物理的に不可能な時に再試験にはならないと思います。
まぁ、違反が多くて免取や免停になっている時に海外にいて、講習を受けていないのなら、再試験かもしれません。