フィリピン人の嫁が運転免許の更新に帰国して更新してきました。

フィリピン人の嫁が運転免許の更新に帰国して更新してきました。1998年にフィリピンで生活していた時に取得した免許ですが
日本の免許に切り替えようと思いましたが3ヶ月以上の滞在が必要と友人に言われました。
今回は更新ですので良いと思いますが、分かる方がいらっしゃいましたらお教えください。お願いします

こちらを参照してください。
http://www13.plala.or.jp/okusama-salamat/driver.htm
フィリピンで免許を習得してから、通算して3ヶ月間フィリピンに滞在したのを証明すれば大丈夫です。

外免切替に必要な書類や条件、手順は既に出た回答や その中のリンクを辿ればＯＫです。しかしフィリピン免許からの切替の場合は、切替申請自体が難しい（受け付けてもらえない）ですよ。
①：まず下の回答でも出ていますが、フィリピン免許証には「有効期限」や「現有免許証の交付年月日」の記載欄はあっても『免許取得日』の記載欄が無く、しかもアメリカや日本の様に公的な「運転免許経歴証明書」が存在しないため、「いつ免許を取得したのか」が判りません。
取得日の証明のためには、最初の免許証の交付時の『日付入り公給領収書』が不可欠で、それを失くしてしまっていると外免切替申請時の提出書類が不備となってしまいます。
②：次に外免切替は「基本的には」どこの国の免許からでも可能なのですが、日本の警察サイドで「偽造免許証が多い」とか「裏金による不正取得が多い」と判断されている国の免許は、その理由を示される事なく切替申請の受付を拒否されており、残念ながら現状 フィリピン免許や中国免許、メキシコ免許などがそれに該当している様です。
以前はフィリピン人との国際結婚手続きの時の「婚姻要件具備証明書（俗に言う「独身証明書」）」の取得時と同じ様に、まずフィリピン陸運局（ＬＴＯ）から免許証交付証明書を入手し、《 フィリピン内務省（マラカニアン）認証⇒フィリピン外務省認証⇒在日フィリピン大使館認証⇒翻訳証明書作成⇒在日フィリピン大使館の翻訳認証 》を経た「交付証明書」を添える事で真正免許証である事の証明として通用していたのですが、それ自体に偽造モノが出回ったのかどうか最近はその証明書を添付してもダメらしいです。
質問者さんが まず最初にするべき事は、お住まいの地域の免許センターに電話して「フィリピン免許からの外免切替が可能かどうか？」を確認する事だと思われます。（ダメと言われる可能性が非常に高いですから、「ダメモト」のつもりで電話してみた方が良いと思います。）
万が一「ＯＫ」と言われたならば、下の投稿のリンク先を頼りに書類を整えて申請して下さい。予想通り「ＮＧ」と言われたならば、残念ながら切替申請は諦めるしかありません。
ウチも国際結婚ですので質問者さんの苦悩は理解できるつもりですが、いつも下記の様な同じ事をアドバイスさせて頂いております。
上で述べましたように、せっかく奥様がフィリピンで免許を取得して長期に滞在して切替要件を満足しても、現状では日本で切替ができるかどうかは非常に怪しい状況の様です。
幸いウチの女房殿は無事に外免切替で国内免許の取得に成功しましたが、女房の友達のフィリピンの奥様やインドネシアの奥様などは何ヶ月も長期に自国に帰省することが出来ず、自動車教習所に通って苦労を重ねながら日本語での免許試験に合格して、元気に運転されている方が大勢います。
質問者さんの奥様も、日本にずっと滞在されるのでしたら日本語上達の必要性は避けては通れない問題です。
私としましては、運転免許取得を奥様の日本語上達の具体的な目標とされて、自動車教習所を経た免許取得をお勧めしたいと思います。

以前も同じ様な質問に回答していますので、御参照下さい。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1151210306
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1346019503
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1128967766
以上、ご参考になれば幸いです。

フィリピンの免許取得後から通算で３ヶ月以上の滞在が必要です。
外国免許からの切替 From警視庁
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/menkyo/kokugai/kokugai05.htm
※ 外国等の運転免許証に初回免許取得日が記載されていない場合は、初回免許取得日を証明する書類(ドライバーズレコード等）が必要となります。
フィリピンの免許証には取得日が記載されていません
現在は、免許証の発行日が顔写真の下に印刷されるようになりましたが初回取得日は記載されていません
免許取得時にはLTOの領収書が発行されますので保管しておけばよいでしょう
http://yamachan-pasay.bbs.fc2.com/?act=reply&tid=3141546
また、国や取得状況によっては用意していただく書類がありますので、事前に各運転免許試験場に お問い合わせください。
との事です。
現地での更新でしたらお近くのＤＬＲＣに行けば３０分から1時間位で更新可能です。
Driver's License Renewal Centers (DLRC)
http://www.lto.gov.ph/LTO_OFFICES/dlrc_new.html
ご参考までに

この学校さんが、外国免許切替審査のことを詳しく書かれているので参考にして見てください。
http://www.ysds.jp
※最終的に、都道府県によって必要な書類が多少異なります。