運転免許について - 自動車学校を卒業した後に住民標の籍をうつしま

運転免許について
自動車学校を卒業した後に
住民標の籍をうつしました。
そのため住民標には熊本在籍と表記されていますが
仮運転免許証や合格証明書には本籍福岡となっています。
このような場合でも免許センターで免許を
取得することはできるのでしょうか？

「本籍」と「住所」を区別しましょう。
「本籍」はあなたの戸籍を管理している市区町村を示します。戸籍の目的は親族関係を明らかにすることで、通常は「夫婦＋子供たち」という構成になりますので、親御さんと別々に住んでいても戸籍はひとつです。
「住所」つまり住民票に書かれている住所は、今どこに住んでいるかを示します。ですので、戸籍では別々になる叔父や伯母なども、同居していれば同じ世帯になります。逆に言えば、戸籍ではひとつになる親や子供・兄弟でも、別居していれば住民票は別々です。
このように本籍と住所が異なることはよくあります。で、
> 自動車学校を卒業した後に住民標の籍をうつしました。
という場合は、本籍が福岡なのはまったく問題ありません。
卒業証明書の「住所」と住民票とが一致していないのが問題なので、市役所に行って、
・そこに移す前の住所(＝卒業証明書の住所)が書かれている
・本籍も記載されている
住民票をとってください。